Fragenkataloge werden in Form von Checklisten in Q-Chess eingegeben und gepflegt. Sie ergeben zusammen ein Baukastensystem von Checklisten, so dass Prüffälle mit mehreren, sinnvoll aufeinander abgestimmten Checklisten abgeprüft werden können. Ergänzende Dokumente wie zum Beispiel Gesetzestexte können in den Prüffragen verlinkt werden, um später bei den Prüfungen als Nachschlagewerk zur Verfügung zu stehen.

Zur Bereitstellung der Arbeitsaufträge und -unterlagen werden die erfassten Checklisten den zu prüfenden Fördermaßnahmen und Objekten sowie den Erst- bzw. Zweitprüfern zugeordnet. Der Prüfer lädt in der Zentrale die Aufträge auf sein Notebook und arbeitet sie am Ort des Förderobjektes ab. Auch hierbei können prüfungsrelevante Dokumente (Excel, Word, PDF) angelegt und mit den Prüfantworten verlinkt werden, so dass der gesamte Prüffall lückenlos im Netzwerk abgelegt werden und über Q-Chess auf alle Dateien zugegriffen werden kann. Die Prüfberichte werden anschließend in der Behörde mit der zentralen Datenbank von Q-Chess synchronisiert. Die Arbeit für einen Prüfer ist sowohl in der Behörde auf dem Server als auch vor Ort auf dem Notebook möglich und die Arbeitsweise ist dabei vollkommen identisch.

Die Integration von Microsoft^® Office erlaubt neben der Durchführung der qualitativen Prüfungen die Erfassung der quantitativen Ausgaben nach in Q-Chess abgelegten Vorgaben und die weitere Bearbeitung mit MS^® Excel. Reports, Briefe und Berichte können mit von der Behörde vorgegebenen Vorlagen generiert werden. Die aktuellen Reviewdaten aus Checklisten und Ausgabelisten werden automatisch in die Prüfberichte übernommen. Q-Chess verwaltet damit alle während einer Prüfung anfallenden Dokumente und deren Status. Auswertungen sind nicht nur prüffallbezogen, sondern auch prüffallübergreifend möglich.

Falls die zu prüfenden Objekte in Stichprobenziehungen ermittelt werden müssen, so geschieht das mit der Statistik-Software ACL Desktop Edition, die optional in Q-Chess integriert ist. Die in ACL zu bearbeitende Grundgesamtheit kann unter anderem aus Dateien importiert werden die im MS^® Excel- oder CSV-Format vorliegen und zum Beipsiel aus der Software IDEA erzeugt werden.